Был призван на действительную военную службу в 1939 году и направлен в Ленинград, где был зачислен в Балтийско-флотский экипаж Ленинградского фронта. Когда осенью 1941 года войска фашистской Германии блокировали Ленинград, командовал одной из артиллерийских установок форта «Обруч» близ Кронштадта. Затем окончил школу подрывников и воевал в составе команды крейсера «Аврора».
В 1942 году, в трудные дни прорыва блокады Ленинграда, добровольно перешёл в сухопутные войска. В составе 129-го гвардейского стрелкового полка 45-й дивизии принимал участие во всех операциях, проведённых полком с 1943 по 1945 год. В ходе операций трижды был ранен.
Участвовал в боевых операциях по овладению Синявинскими высотами, в прорыве блокады Ленинграда и в боях за освобождение от немецких захватчиков городов Нарвы, Выборга и других населённых пунктов, а также Курляндии и Эстонии.
В период с 5 августа1943 по 15 марта1945 года старший сержант Н. М. Яганов выполнял задания командования по захвату гитлеровцев в плен и разведке обороны противника. На счету разведчика более 60 уничтоженных немецких солдат и офицеров и 37 фашистов, захваченных в плен.
За мужество и отвагу, проявленные в Пулковской операции, гвардии красноармеец Н. М. Яганов 19 июня1944 года награждён орденом Славы 3-й степени, а 29 сентября того же года за героическое участие в Эстонской операции — орденом Славы 2-й степени. 29 июня1945 года Н. М. Яганов был награждён орденом Славы 1-й степени за выполнение боевых заданий по уничтожению Курляндской группировки противника юго-восточнее Лиепаи в Латвийской ССР в районе Яунземьи.
