Части первоначальной линии всё ещё существуют. Участок между станцией на Девятой авеню и 39-й улицей всё ещё открыт. Участок под линией Калвер заасфальтирован. Сегодня дорога проходит только от депо 36-38-й улицы на востоке до морского терминала Южного Бруклина на западе.
Южно-Бруклинская железная дорога сегодня
Южно-Бруклинская железная дорога обеспечивает одно из двух соединений путей, гейтов между метро Нью-Йорка и остальной частью американской железнодорожной сети. Во время реконструкции путей метро на Вильямсбургском мосту в 1988 и 1999 годах эти соединительные (пути гейта) позволили поездам маршрутов J/Z, L и M, которые в тот период были изолированы от всего метрополитена, ездить в депо «Кони-Айленд» для выполнения капитальных и восстановительных ремонтов. Через другой гейт, находящийся у депо «Линден», поезда метро перезозили через ветку Бэй-Ридж железной дороги Лонг-Айленда к Бруклинскому армейскому терминалу[англ.].
Оттуда по железной дороге Нью-Йорк-Кросс-Харбор, проходящей большей частью по мостовой Первой авеню в Бруклине, вагоны метро доставлялись на станцию перегрузки, находящуюся на Второй авеню. А оттуда Южно-Бруклинская железная дорога доставляла эти вагоны в депо «Кони-Айленд» через линию Уэст-Энд.
У Южно-Бруклинской железной дороги есть два локомотива, N1 и N2, пара дизелей GE 47T. Они также используются в метро, когда они не нужны Южно-Бруклинской железной дороге.