После восстановления Эстонской Республики 20 августа1991 года, Чрезвычайный и полномочный посол Японии 6 сентября1991 года отправил в Таллин официальное послание правительства Японии о признании независимости Эстонской Республики. Дипломатические отношения между двумя странами были восстановлены 10 октября 1991 года[1].
Эстонско-японская ассоциация действует в Таллине с 1992 года[1].
Кайдо Хёвельсон, также известный как Баруто — первый эстонец, ставший профессиональным борцом сумо в Японии. Из-за незалеченной травмы колена он объявил об отставке 11 сентября2013 года[3].
Японская альтистка Мари Адачи выступала на Пярнуском музыкальном фестивале[4].