Вернувшись в 1946 году, Шипулин возглавил отдел геологии Дальневосточного филиала Академии наук СССР. В 1952 году перешёл на работе в Институт геологии Академии наук СССР, а в 1955 году — Институт геологии рудных отложений, петрографии, минералогии и геохимии Академии наук СССР. С 1967 года руководил отделом геологической химии того же института. В 1970 году Шипулин был избран членом-корреспондентом Академии наук СССР[2].
Являлся автором многих научных работ в области рудных месторождений, петрографии, геологической химии. Проводил исследования малых интрузий, кристаллизации силикатных расплавов, генетические связи групп химических элементов с магматическими очагами. Кроме того, Шипулин является разработчиком основ петрологического анализа магматогенных процессов[2].
