Родился 15 (27) декабря 1834 года. Отец — Игнатий Францевич Шебеко (?—1869), служивший в Кавалергардском полку, мать — Елизавета Сергеевна Трухачева (1811—12.10.1893).
В 1879 году, «во внимание к особым трудам, понесенным по управлению Бессарабской губернией, и полезной деятельности по оказанию помощи больным и раненым воинам во время минувшей войны с Турциею», пожалован орденом Святого Владимира 2-й степени.
6 апреля 1887 года был произведён в генерал-лейтенанты и назначен товарищем министра внутренних дел, заведующим полицией и командиром отдельного корпуса жандармов.
30 августа 1890 года назначен сенатором. С 22 июля 1895 года — член Государственного совета по департаменту гражданских и духовных дел.
18 апреля 1899 года был произведён в генералы от кавалерии.
Жена (с 1860 года) — Мария Ивановна Гончарова (01.04.1839—25.09.1935), фрейлина великой княгини Ольги Фёдоровны (13.08.1857), дочь отставного генерал-майора И. Н. Гончарова и племянница Натальи Гончаровой. Умерла в эмиграции в Ницце. Их дети:
Николай (1863—1953), дипломат, посол в Австро-Венгрии.
Вадим (1864—1943), генерал-майор, Московский градоначальник.