Современный университет был образован после присоединения в 1769 году к Университету Кито (также известного как Университет Св. Григория Великого, основан иезуитами в 1620 году) Университета Св. Фульхенсия (основан августинцами в 1586 году) и Университета Св. Фомы Аквинского (основан доминиканцами в 1681 году).
После создания республики Великая Колумбия её конгресс 18 марта1826 года провозгласил создание нескольких центральных университетов, в том числе в Кито.
Структура
На сегодняшний день в составе университета действуют следующие факультеты:
Факультет архитектуры и градостроительства
Факультет искусств
Факультет управления
Факультет агрономии
Факультет химической инженерии
Факультет экономики
Факультет инженерного дела, физики и математики
Факультет геологии и землеведения
Факультет юридических, политических и общественных наук
Факультет медицины
Факультет стоматологии
Факультет психологии
Факультет фармакологии
Факультет философии и педагогических наук
Факультет общественных коммуникаций
Факультет ветеринарной медицины
Известные выпускники и преподаватели
Бустаманте, Хосе Рафаэль — вице-президент Эквадора 1947—1948, Президент Национального Конгресса Эквадора (1932—1933), писатель.
Веласко Ибарра, Хосе Мария — президент Эквадора в 1934—1935, 1944—1947, 1952—1956, 1960—1961 и 1968—1972.
Ловато Варгас, Хуан Исаак (1904—2001) — эквадорский политик, государственный, общественный и дипломатический деятель. Первый посол Эквадора в СССР (1970) и Польшу.