Погребён на северной стороне созданного им храма. На могиле преподобного была положена аспидного камня плита с надписью: «Здесь погребён 73-летний старец иеромонах Феодор, по фамилии Ушаков, возобновитель Санаксарского монастыря, который пострижен в Александро-Невской Лавре, продолжал монашеское житие 45 лет; со всеми видами истинного христианина и доброго монаха 19 февраля 1791 года скончался».
Семелев В. В. Педагогические взгляды преподобного Феодора Санаксарского — святого подвижника Мордовского края XVIII века // Осовские педагогические чтения «Образование в современном мире: новое время — новые решения». 2014. — № 1. — С. 333—338.