Лавра была основана вблизи от того места, где древняя Иерихонская дорога переходила Кутилийский поток и где лежала деревня Фаран. Лавра была расположена в ущелье, по обоим берегам Кутилийского потока, в береговых пещерах и гротах.
Спустя несколько лет после основания монастыря святой Харитон покинул Фаранскую лавру и удалился в Фекойские ущелья и на склоне высокой горы положил основание новой Суккийской лавры.[1] Однако перед кончиной преподобный вернулся в Фаранскую лавру и здесь же был похоронен.
В VIII веке она ещё существовала: имя её встречается то в летописях церковных, то в послании того или другого епископа или аввы. В начале IX века, по причине междоусобий между детьми Харуна аль-Рашида, лавра была оставлена монахами[3].
В XIX веке монастырь был заброшен, пришёл в полное разрушение[4].
Во второй половине XIX века начальник Русской Духовной Миссии в Иерусалиме архимандрит Антонин (Капустин) предпринял несколько безрезультатных попыток получить лавру в собственность Российской империи. Это удалось осуществить только в 1903 году настоятелю Афонской русской обители Воздвижения Креста Господня иеросхимонаху Пантелеимону[5].
Несколько лет спустя пожар поглотил практически все строения, так что восстановить скитские здания оказалось возможным только частично. Восстановленный скит представлял собой двухэтажное здание со множеством келий у подножия скалы. В самой скале на высоте около 20 м находится пещерная церковь во имя преподобного Харитона[4].
Последний афонский насельник этого скита, о. Герасим скончался в 1960-е годы. После этого скит пустовал, за исключением нескольких дней, когда члены Русской Духовной Миссии РПЦЗ бывали в нём, а кроме того, на день преподобного Харитона, 28 сентября, клирики Миссии служили в скиту Божественную Литургию[4].
С 1997 года и по настоящее время (2020 год) в скиту постоянно проживает монах Харитон, который один возродил скит из руин, явившихся следствием Шестидневной войны[6][7].