Эрнест Уолтон родился в городке Дангарван в Ирландии. Его отец был священником методистской церкви. Почти все своё детство Уолтон провел в Ольстере. В то время было принято, что семьи священников переезжали с места на место каждые 3 года. В итоге, Эрнест учился в нескольких школах в графствах Доун и Тирон и в Дублине. С 1915 до 1921 года он учился в методистком колледже Белфаста.
Эрнест Уолтон вернулся обратно в Ирландию в 1934 году и стал членом факультета физики Тринити колледжа в Дублине. В 1946 году он был назначен профессором с почётным званием профессор натуральной и экспериментальной философии Тринити колледжа в Дублине. Уолтон был великолепным лектором, он умел подать сложные вопросы физики в простой и легкой для понимания манере. Однако, возможности для проведения экспериментальных исследований в Дублине были очень ограничены. Уолтон занимался исследованиями эффекта фосфоресценции в стёклах, вторичной электронной эмиссии с поверхности под воздействием ионной бомбардировки и развитием метода радиоуглеродной датировки и методов измерения радиоактивности (low level counting) тонких плёнках на стекле.
В 1951 году Эрнест Уолтон и Джон Кокрофт получили Нобелевскую премию по физике за свои «работы по трансмутации атомных ядер с помощью искусственно ускоренных частиц», проще говоря, за разрушение атомных ядер. На созданной ими установке впервые в мире в 1932 году было расщеплено ядро Li путём бомбардировки его протонами и исследованы продукты реакции (гелий). Практически одновременно такой же эксперимент впервые в СССР был проведен в УФТИ[7].
Уолтон и Кокрофт также получили медаль Хьюза Лондонского королевского общества в 1938 г. В более поздние годы, особенно после отставки с поста профессора в 1974 году Уолтон получил почётные степени от множества университетов и институтов мира.
Храмов Ю. А. Уолтон Эрнест Томас Синтон (Walton Ernest Thomas Sinton) // Физики : Биографический справочник / Под ред. А. И. Ахиезера. — Изд. 2-е, испр. и доп. — М. : Наука, 1983. — С. 269. — 400 с. — 200 000 экз.
Cathcart, Brian, The Fly in the Cathedral, Penguin, 2005. ISBN 0-14-027906-7
McBrierty, Vincent J., Walton, The Irish Scientist, Trinity College Dublin Press, 2003. ISBN 1-871408-22-9