Рудольф Трёгер родился 23 апреля 1905 года в Лейпциге. Изучал юриспруденцию в университете Лейпцига и в 1930 году стал доктором права, защитив диссертацию на тему Организация труда и мировое трудовое право.
1 мая 1933 года вступил в НСДАП (билет № 2434089)[1], принят в ряды СС (№ 261192), а затем стал членом СД. С 1933 года Трёгер возглавлял полицейский департамент в Лейпциге[2]. В августе 1937 года был переведён в отделение гестапо в Берлине, а в ноябре 1937 года — в отделение гестапо в Хемнице. В начале 1939 года стал начальником политической полиции в Данциге (ныне Гданьск)[1]. С 1939 года занимал должность руководителя гестапо в Данциге[3].
12 сентября 1939 года возглавил айнзацкоманду 16 — специальную оперативную группу полиции безопасности и СД, которая действовала на оккупированных территориях Гданьска и Восточного Поморья. Немецкий историк Дитер Шенк[нем.] писал, что «айнзацкоманда 16 в Гданьске была просто расстрельным взводом, чья задача заключалось только в том чтобы реализовать требования шефа полиции безопасности и СД Гейдриха увеличить число казней»[4]. В начале октября 1939 года организовал в Гданьске совещание командного штаба айнзацкоманды, в ходе которого передал приказ Гиммлера «зачистить польскую интеллигенцию»[5]. Вскоре после этого в Поморье начались массовые казни (в том числе массовое убийство под Пяшницей[нем.], в результате которого были убиты от 10 до 12 тыс. польских священников, учителей, врачей и журналистов[6]). Подразделение Трёгера обычно выполняло координационную роль в этих процессах. Члены айнзацкоманды 16 создавали специальные комиссии, которые решали каких заключённых освободить или отправить в Генерал-губернаторство, а каких — в концлагеря или убить на месте. Согласно показаниям свидетелей, Трёгер лично подписывал листы с именами поляков, приговорённых к смерти[7]. Немецкая сторона оценила число жертв айнзацкоманды в 20 000 человек[8].
С ноября 1939 по январь 1940 года занимал должность инспектора полиции безопасности и СД в Данциге[9]. Участвовал в планировании и проведении массовых выселений поляков из новообразованного гау Данциг-Западная Пруссия. Особое внимание было уделено изгнанию из Померании семей поляков, убитых в ходе «политической очистки территории»[10].
Klaus-Michael Mallmann, Jochen Böhler und Jürgen Matthäus. Einsatzgruppen in Polen: Darstellung und Dokumentation. — Stuttgart: Wissenschaftliche Buchgesellschaft, 2008. — ISBN 978-3-534-21353-5.
Carsten Schreiber. Elite im Verborgenen – Ideologie und regionale Herrschaftspraxis des Sicherheitsdienstes der SS und seines Netzwerks am Beispiel Sachsens, Studien zur Zeitgeschichte. — München: Oldenbourg Wissenschafts-Verlag GmbH, 2008. — ISBN 978-3-486-58543-8.
На польском языке
Jochen Böhler, Klaus-Michael Mallmann, Jürgen Matthäus. Einsatzgruppen w Polsce. — Warszawa: Bellona, 2009. — ISBN 978-83-11-11588-0.
Dieter Schenk. Albert Forster. Gdański namiestnik Hitlera. — Gdańsk: Polnord, 2002. — ISBN 83-86181-83-4.
На английском языке
Robert D. Cherry, Anamaria Orla-Bukowska. Rethinking Poles and Jews: Troubled Past, Brighter Future. — Lanham: Rowman & Littlefield, 2007. — ISBN 0-7425-4665-9.