Учился в Гельсингфорсе, Стокгольме и Гейдельберге.
С 1888 года — сотрудник Геологической комиссии Финляндии.
В 1897 году совместно с В. Рамзаем организовывали геологическую экскурсию по Финляндии на 7 сессии Международного геологического конгресса в Санкт-Петербурге. Они познакомили экскурсантов с породами докембрийского возраста, гранитами рапакиви, продемонстрировали специфические «архейские фоссилии», вызвавшие бурную дискуссию. Много внимания было уделено также ледниковым образованиям и влиянию ледников на формирование рельефа[2].
Научная работа
Геология и петрография докембрийских горных пород Финляндии.
Ввёл в петрографию термин «мигматит» (1907) и разработал учение о мигматитах и теорию классического анатексиса[3]. В 1928 году награждён медалью Мурчисона и медалью Пенроуза. В честь Якоба Седерхольма назван минерал из группы пирротина — седерхольмит (селенид никеля b-NiSe).
По обобщённым данным А. А. Тилло, Я. И. Седерхольма и Ю. М. Шокальского Товариществом А. Ф. Маркса издавалась «Гипсометрическая карта Европейской России», которая вошла в Большой всемирный настольный Атлас Маркса[4] и многократно переиздавалась.
Sederholm J., Backlund H., Foslie St. et al. The Upper Yenissei Drainage Area: (territory of Uriankhai). Helsingfors: Tilgmann, 1925. 189 p. (Acta geogr.; Vol. 1. N 1).
Тихомиров В. В., Софиано Т. А. 25 лет со дня смерти финского геолога и петрографа Я.И. Седергольма (Памятные даты на январь- июнь 1959 г.; Обзор 24) // Советская геология. 1959. № 7. С. 158—159.
Иностранные члены Российской академии наук XVIII−XXI вв.: Геология и горные науки. / Отв. редактор И. Г. Малахова. М.: ГЦ РАН, 2012. − 504 с. ISBN 978-5-904509-08-8 (эл. версия).
↑Тилло А. А., Седерхольм Я. И., Шокальский Ю. М. Гипсометрическая карта Европейской России: Составлена по данным Тилло, Седерхольма и Шокальского. Масштаб: 1:20 000 000 // Новый настольный Атлас Маркса. СПб.: изд. Т-ва А.Ф. Маркса, 1910. Л. 1. (№ 15).
↑Murchison Medal winners (Geological Society of London)