Автор трудов по физиологии растений (накопление в листьях в процессе фотосинтеза белков наряду с углеводами) и географической характеристике природы Алтая и Семиречья. В своих работах применял географический метод в гляциологии.
Путешественник
Предпринял научные экспедиции в Русский Алтай, Семиречье, Саяны и в Монгольский Алтай, во время которых собрал обширный гербарий, подробно описал растительность и флору Алтая, исследовал его оледенение, открыв много новых ледников и определив высоту главных вершин. Его именем были названы два пика в горах Тянь-Шаня, а также один из ледников Южного Алтая. Во время экспедиций много фотографировал, фотоработы Сапожникова использованы как в его книгах, так и других исследованиях в области географии и геологии (его научное наследие составляет 10 тысяч фотопластинок и около 1 000 цветных диапозитивов). Также занимался активной картографической деятельностью.
В 1895 году преодолел 1 000 вёрст вьючного пути по Алтаю, в частности, исследовав Катунский и Берельский ледники; установил, что они оказались значительно больше по размерам, чем ранее считалось. Во время путешествий 1897, 1898, 1899 годов изучил истокиКатуни вместе с главными хребтами Алтая, сделал множество открытий, составив точные карты самых больших современных ледников, в частности, ледника Родзевича (ныне Аккемский ледник) на северном склоне горы Белухи (1897)[4]. В 1911 году вновь посетил Русский Алтай — Катунские и Чуйские белки, положив начало систематическим наблюдениям за режимом ледников.
В отзыве о работах В. В. Сапожникова В. Л. Комаров позже писал:
Описание пути… даёт чрезвычайно богатый материал для знакомства с пройденной страной. Изложение, живое и интересное, передаёт всю прелесть непосредственных впечатлений и позволяет мысленно воспроизводить за автором всё им виденное.
В. В. Сапожников организовывал оказавшихся в Томске в годы Гражданской войны учёных. Он добился от Колчака субсидий на работу научных институтов, в январе 1919-го в Томске провёл съезд исследователей Сибири. Предпринял две научно-исследовательские экспедиции. Несколько месяцев продолжалась экспедиция в район Обской губы, в ней участвовала Еннафа Никитина, впоследствии — крупный ботаник, исследователь Киргизии. Путь туда и обратно удалось проделать на реквизированных Белой армией пароходах, они направлялись в Обскую губу для установления летнего водного сообщения с государствами Антанты, обещавшими снабжать армии Колчака амуницией, людьми и продовольствием. Летом 1920 года, уже после свержения Колчака, с группой студентов совершил поездку в район Бухтармы и озера Маркаколь на Алтае. Работа экспедиции была сильно усложнена вспыхнувшим крестьянским восстанием, участники экспедиции были ограблены и едва не убиты[6].
Первая жена — Надежда Дмитриевна (по другим сведениям Владимировна[1]), урождённая Ловейко (17.10.1878—1941)[9].
Дочь — Татьяна Васильевна в замужестве Чернавина[англ.] (8 (20) декабря 1887[9]—1971), в 1917 году вышла замуж за ихтиолога В. В. Чернавина, участника экспедиций её отца. В СССР работала музейным хранителем в Эрмитаже. В 1932 году организовала побег и бежала вместе с сыном и мужем-заключённым из Кандалакши в Финляндию[10]:575, автор воспоминаний. Поддерживала отношения и помогала Владимиру Набокову. Он писал: «Какая она прелесть! Рассказала между прочим, что особенно восприняла некоторые страницы „Дара“, потому что её отец был (известный) ботаник-путешественник и она раза два (в 20-х годах) сопровождала его на Алтай и т. д., а затем он пропал, как мой [герой „Дара“ энтомолог К. К. Годунов-Чердынцев], ей в Томске сказали, что он погиб, но потом выяснилось, что он взят в плен какими-то местными мятежниками[10]:364-365».
Сын — Борис (28 сентября 1894—апрель 1895), умер в младенчестве[9].
Вторая жена — Софья Александровна (в девичестве Боярская) (1874—1947)[1][9].
Дочь — Наталья (1897—1986), замужем за Евгением Ивановичем Яницким (1889—1 июля 1938, расстрелян)[1]
Сын — Василий (1901—1980)[1], (есть сведения, что он был усыновленным[9]).
Дочь — Кира (1904—1987), училась на физико-математическом факультете Томского государственного университета, одним из основателей которого был Василий Васильевич[9], замужем за Петром Васильевчем Савостиным (1901—1989)[1].
Дочь — Екатерина (1907—1989), училась как и сестра на физико-математическом факультете Томского государственного университета[9], замужем за Виктором Вячеславовичем Чернавиным (1899—1942)[1]
Ермишин О. Т. САПОЖНИКОВ Василий Васильевич // А. Ю. Андреев, Д. А. Цыганков Императорский Московский университет: 1755—1917 : энциклопедический словарь. — М.: Российская политическая энциклопедия (РОССПЭН), 2010. — С. 641—642. — ISBN 978-5-8243-1429-8.
В. В. Сапожников (неопр.). Дата обращения: 15 марта 2007. Архивировано из оригинала 27 сентября 2007 года. на сайте «Алтай» географического факультета АГУ (Дата обращения: 21 декабря 2009)