С начала 1990-х годов спортивные результаты команды стали резко возрастать — «Сан-Хосе» дважды стал вице-чемпионом страны, а затем и выиграл чемпионат 1995 года.
После нескольких лет упадка, когда «Сан-Хосе» даже успел выбыть в низший дивизион, с середины 2000-х годов «Сан-Хосе» вновь вошёл в число команд, борющихся за самые высокие места в чемпионате. В 2007 году «Святые» во второй раз в истории выиграли чемпионат Боливии.
В 2021 году «Сан-Хосе» занял последнее место в чемпионате Боливии, сумев заработать только одно очко в 30 матчах. Кроме того, из-за больших долгов клуб был оштрафован на 12 очков, поэтому сезон «святые» завершили с минус 11 очками[2][3].
.svg){kind=small}
