«Сампайо-Корреа» был основан 25 марта1923 года под названием Associação Sampaio Corrêa Futebol Clube. Название команде было дано в честь гидросамолёта «Sampaio Corrêa II» под командованием бразильца Пинту Мартинса и американца Уолтера Милтона, посетившего город Сан-Луис 22 декабря1922 года.
В 1972 году клуб стал чемпионом Бразилии в Серии B, однако выхода в Серию A тогда ещё не было. Первым сезоном, проведённым в элитной группе, стал 1974 год. Тогда же «Сампайо-Корреа» занял высшее для себя место в Серии A — 36-е.
В 1997 году клуб стал чемпионом Серии C Бразилии. В следующем году был завоёван Кубок Северного региона Бразилии, что дало право на участие в международном турнире — Кубке КОНМЕБОЛ (хотя команда и выступала всего лишь в Серии B). В результате, «Сампайо-Корреа» дошёл до полуфинала турнира, где ему дорогу преградил лишь гранд бразильского футбола «Сантос».