В 131 году царица Клеопатра II подняла восстание и выгнала Птолемея VIII. После этого она провозгласила своего 12-летнего сына Птолемея царём и своим номинальным соправителем. Птолемей VIII захватил своего сына, убил его и переслал части его тела Клеопатре II. Она оставалась единственной правительницей страны. Но позже ей пришлось бежать в Сирию. Публичное примирение Птолемея VIII и Клеопатрой II произошло в 124 году до н. э. После этого она правила совместно со своим братом и дочерью Клеопатрой III до 116 года до н. э.