Родился в семье приходского дьячка — Алексея Андреевича Попова. В 1849—1856 учился в Устюжском духовном училище, в том же году поступил в Вологодскую духовную семинарию, которую окончил в 1862. Тогда же стал участником нелегального кружка, организованного в Вологде в 1862 г. А. И. Румянцевым. За что попал под следствие, но был оправдан.
10 февраля 1863 года Попов был посвящён в сан диакона, а 17 февраля — в сан священника, в коем и служил в Ерогородской Успенской церкви неподалёку от Великого Устюга. Позже он стал благочинным в том же уезде, а 30 августа 1887 г. был возведен в должность протоиерея и назначен настоятелем Лальского Воскресенского собора Вологодской епархии.
19 октября 1907 избран в Государственную думу III созыва от общего состава выборщиков Вологодского губернского избирательного собрания. Вошёл в состав фракции Правых. Состоял в думских комиссиях по делам православной церкви и по направлению законодательных предположений.
26 марта 1914 г. по прошению был уволен от должности настоятеля Лальского Воскресенского собора.
Свою жизнь описал в мемуарах под названием: «Воспоминания причетнического сына»[2].
Похоронен на лальском кладбище, историческое захоронение № 68.
Был женат на Евдокии Николаевне (1845 — не ранее 1921), дочери священника Кирилловской Большеельминской церкви Вологодского уезда Николая Веселовского[3].
Чебыкина Г. Н. Священник Алексей Попов — православный пастырь и общественный деятель // Глагол времени: материалы научной конференции «Прокопиевские чтения». Вологда, 2005. С. 143—146.