Село Подпилипье находится на правом берегу реки Збруч, выше по течению на расстоянии в 1,5 км расположено село Турильче, ниже по течению на расстоянии в 1 км расположено село Вербовка, на противоположном берегу — село Подпилипье (Каменец-Подольский район).