VIII Первенство России среди клубов КФК прошло в 1999 году в два этапа. В зональных соревнованиях участвовали все клубы участники МРО (межрегиональных футбольных объединений), а финальный этап проводился среди победителей зональных первенств. Победителем финального этапа соревнования стал ФК «Псков», второе место занял московский «Москабельмет», а третье «Сигнал» Изобильный.
И — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
* Дополнительный матч за 1-е место «Титан» (Березники) 2:1 «Металлург-99» (Магнитогорск).
Результат матча «Строитель» (Тобольск) 2:0 «Прикамье» (Пермь) был аннулирован. Команде «Строитель» засчитано техническое поражение со счётом 0:3.
Результат матча «Строитель» (Тобольск) 2:0 «Титан» (Березники) был аннулирован. Команде «Строитель» засчитано техническое поражение со счётом 0:3.
Результат матча «Строитель» (Тобольск) 1:0 «Уралмаш-2» (Екатеринбург) был аннулирован. Команде «Строитель» засчитано техническое поражение со счётом 0:3.
И — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки
Результат матча 2-го круга «Динамо» — «Краснодар» неизвестен - скорее всего, матч не состоялся и в связи со снятием с турнира «Немкома», победителем объявлен МФК Краснодар[3]
* В матче группы В «Девон» — «Локомотив», команда «Локомотив», покинула поле, не согласившись с решением арбитра, в результате чего им было назначено техническое поражение.