В 1761—1769 годах он работал домашним учителем у детей графа Штернберка, позже — у чешского губернаториума графа Бедржиха Яна Ностица.
С 1773 года преподавал в Вене чешский язык и историю. В 1792 стал первым профессором недавно созданной кафедры чешского языка и литературы в Карловом университете в Праге.
В семидесятых годах XVIII века принимал активное участие в политической жизни. Активно боролся против фальсификации чешской истории. Выступал в защиту чешского языка.
Большинство книг написал на немецком языке. Основные исторические труды Пельцля посвящены чешской истории, периоду правления императора Карла IV и короля Вацлава IV, Лексикон (энциклопедию) об известных иезуитах, труд о чешских писателях и историческое произведение о немцах в Чешском королевстве.
В «Новой чешской хронике» («Scriptores rerum bohemicarum» т. 1-3, (1783—1784), написанной на чешском языке, дал первое систематическое изложение чешской национальной истории с древнейших времён до 1378 года. Вместе с Й. Добровским осуществил это издание сборника документов по истории Чехии. Дополненное и исправленное издание (1791—1795) начинается с 1434 года.
Избранные труды
Kurzgefasste Geschichte der Böhmen von den ältesten bis auf die itzigen Zeiten («Краткая история Чехов с древних времен до наших дней» (1 издание — 1774, 2 изд. — 1779, 3 изд.- 1782, 4 изд. — 1817).
Kaiser Karl der Vierte, König in Böhmen (в 2 томах, «Император Карл VI, Король Чешский») .