В июне 2008 года Пекович перешёл в греческий «Панатинаикос»[2]. В том же году он выставил свою кандидатуру на драфт НБА. Предполагалось, что Пекович будет выбран в первом раунде, но из-за его контракта с «Панатинаикосом» многие менеджеры решили не рисковать с выбором черногорца. В итоге Никола был выбран первым во втором раунде под общим 31-м номером клубом «Миннесота Тимбервулвз»[3], но остался в Европе. В сезоне 2008-2009 Пекович помог «Панатинаикосу» выиграть чемпионат и кубок Греции, а также Евролигу. Сам он занял четвёртое место в голосовании на звание самого ценного игрока чемпионата Греции[4] и вошёл в первую символическую сборную Евролиги[5].
Карьера в НБА
Летом 2010 года Пекович подписал с «Миннесотой» трёхлетний контракт, по которому он должен будет получить 13 миллионов долларов[6]. Изначально Пекович был сменщиком основного центрового Миннесоты, серба Дарко Миличича. В дебютном сезоне в НБА он сыграл 65 игр, в которых в среднем проводил на площадке 13,6 минут, набирал 5,5 очков и делал 3 подбора.
В августе 2011 года, во время локаута в НБА, Пекович подписал с «Партизаном» однолетний контракт, действительный до окончания локаута[7]. В феврале 2012 года Пекович заменил получившего травму Миличича в стартовой пятёрке и сразу же продемонстрировал высокий уровень. В феврале он в среднем за игру набирал 17,2 очка, делал 10,4 подбора и 1,2 блок-шота, а также лидировал по количеству подборов на чужом щите (5,5 за игру)[8]. 17 февраля 2012 года в игре против «Хьюстон Рокетс» Пекович установил личный рекорд результативности в НБА, набрав 30 очков, а также сделав 9 подборов в нападении и 3 блок-шота[9].