По результатам первых в истории независимого Таджикистана парламентских выборов весной 1995 года партия получила одно место (набрала 0,5 % голосов) в новом парламенте Республики Таджикистан — Маджлиси Оли (Высшее собрание). После внезапного убийства неизвестными основателя и лидера партии Мухтора Бобоева в марте 1996 года, в партии наступили тяжелые времена. Правительство и руководство Таджикистана критически относилось к Партии экономических и политических обновлений Таджикистана из-за её принципиальной оппозиционной позиции. В итоге, несмотря на то, что партия являлась парламентской, в марте 1999 года Верховный суд Республики Таджикистан запретил деятельность партии на территории Таджикистана, и партия из-за лишения своего легального статуса фактически распалась. Её часто считают предшественницей нынешней Партии экономических реформ Таджикистана, основанной в ноябре 2005 года Олимджоном Бобоевым[1][2].
