Княжество управлялось родом Омура, который принадлежал к тодзама-даймё и имел статус правителя замка (城主). Главы рода имели право присутствовать в вербовом зале сёгуна.
Род Омура вёл своё происхождение от военачальникаФудзивара-но Сумитомо (ум. 941). Омура Тададзуми, 8-й потомок Фудзивара-но Сумитомо, был первым, кто принял фамилию «Омура» по названию своего замка и домена. Омура Сумитада (1532—1587), стал первым японским даймё, принявшим христианство. Сумитада открыл порт Нагасаки для португальцев и спонсировал его развитие. В 1587 году японский правитель Тоётоми Хидэёси предпринял завоевательный поход на остров Кюсю. Омура Сумитада вынужден был подчиниться верховной власти Тоётоми Хидэёси, который сохранил за первым его родовые владения. Однако порт Нагасаки был конфискован у иезуитов и перешел под прямое управлением администрации Тоётоми. Его сын, Омура Ёсиаки (1568—1615), участвовал в битве при Сэкигахаре на стороне Токугава Иэясу, но вынужден отказаться от своего домена в пользу своего сына, Омуры Сумиёри (1592—1619). Сумиёри был крещен, как его отец и дед, но после обнародования указов о запрете христианства в Японии, стал преследовать христиан в своих владениях. Род Омура пользовался доверием сёгуната Токугава и владел родовым доменом вплоть до Реставрации Мэйдзи.
