Оксид берклия(III) образует кристаллы нескольких модификаций, продолжая имеющуюся у полуторных оксидов актиноидов тенденцию к проявлению триморфизма:
Кристаллы объёмно-центрированной кубической сингонии, изоструктурные биксбииту. Параметр ячейки a = 1,0887 нм. Модификация образуется при восстановлении водородом диоксида берклия. Устойчива при комнатной температуре. Необратимо переходит в моноклинную форму при 1200 ± 50 °C.
Кристаллы моноклинной сингонии, изоструктурные кристаллам соответствующей сингонии оксида самария(III). Параметры ячейки a = 1,4197 нм, b = 0,3606 нм, c = 0,8846 нм, угол β = 100,23 °. Обратимо переходит в гексагональную форму при 1752 °C.