К началу 1887 года из состава Сибирской епархии выделяется Томская епархия (общины Пермской губернии входили в это время под окормление архиепископа Саватия).
После выхода правительственных указов 1905—1906 годов большинство общин получило официальную регистрацию. В Томской губернии (барнаульская, новониколаевская, томская и другие сельские общины, мужской Казанский и женский Ново-Архангельский скиты на реке Юксе (Томский уезд Томской губернии), женский Тихвинский монастырь на реке Тое (Колыванский уезд Томской губернии).
После 1905 года в Сибири начинают созываться ежегодные епархиальные съезды, служившие органом епархиального управления (Барнаул, Новониколаевск, 1906—1928). На съездах решались вопросы приходской и епархиальной жизни: уставные, финансово-хозяйственные и организационные.
В 1916—1919 годы активно обсуждались вопросы культуры и просвещения, создания приютов для детей-сирот, проблемы объединения со старообрядцами других согласий и др. С 1917 года — активизация общественно-политической жизни, организованы несколько политических акций.
В июне 1919 года епархиальным съездом Томско-Алтайской епархии разработано «Временное положение о древлеправославной Церкви», предназначенное для утверждения колчаковским правительством в качестве «временного закона».
В 1922 году Томско-Алтайский епископ Тихон (Сухов) обращается к сибирским старообрядческим приходам с призывом к «лояльности» по отношению к власти. В 1925 году советом в епархии принят Устав религиозных общин, получивших статус религиозных обществ.
В 1922—1923 годы выделяются епархии Минусинско-Урянхайская, Семипалатинско-Зайсанская (возглавлял епископ Семипалатинский и Миасский Андриан (Бердышев)). Делается попытка разделить Пермско-Тобольскую, Томско-Алтайскую епархии.[3]
В 1999 году завершено строительство кафедрального собора в Новосибирске.
В сентябре 1999 года решением новосибирского епархиального совещания епархия разделена на восточное (Томская, Кемеровская, Иркутская области, Красноярский край, республики Хакасия, Тыва) и западное благочиния (Новосибирская, Омская область, Алтайский край, республика Алтай, Казахстан, Киргизия, Узбекистан).
С 2004 года в Тыве действует небольшой скит. В Барнауле ведется строительство храмового комплекса[5].
С 2004 году регулярно проводятся крестные ходы к месту Казанского и Ново-Архангельского скитов (Томская область).
В 2007 году освящено место под строительство храма в Новокузнецке. В том же году по инициативе общин Енисейска и Новокузнецка проходят регулярные крестные ходы к месту пребывания священномученика протопопа Аввакума в Енисейске.
28 сентября — 1 октября 2012 года митрополит Корнилий (Титов) возглавил торжества по случаю 150-летия создания Сибирской епархии[6].
19 октября 2016 года решением Освященного Собора РПСЦ была образована Казахстанская епархия, к которой отошли Казахстан и страны Средней Азии.
30 октября 2016 года в новосибирском кафедральном соборе во имя Рожества Пресвятой Богородицы состоялось торжественное открытие Музея истории старообрядчества Сибири[8].
24 июля 2019 года в посёлке Коченёво Новосибирской области была зарегистрирована «Коченёвская Православная Старообрядческая Община»[9].
Современное состояние
В настоящее время в епархии более 15 приходов; в Залесово действует небольшое монастырское подворье.
Омск — храм во имя святителя Николы, освящённый в мае 2014 года[13].
Бийск — храм во имя Казанской иконы Богородицы[14].
Горно-Алтайск — молитвенный дом, освященный во имя Смоленской иконы Богородицы Одигитрии. В 2016 году совершена закладка нового храма[15].
Залесово — храм во имя Святителя и Чудотворца Николы, освящённый в 2000 году, возле храма проводится православный детский лагерь.
Ежегодные мероприятия
С 2004 года регулярно проводятся крестные ходы к месту Казанского и Ново-Архангельского скитов (Томская область).
C 2007 года по инициативе общин гг. Енисейска и Новокузнецка проходят регулярные крестные ходы к месту пребывания священномученика протопопа Аввакума (г. Енисейск).
C 2001 года в селе Залесово летом проходит детский христианский лагерь[16], с 2005 года носящий название «Чистые Росы»[17].
C 2016 года в Залесовском районе Алтайского благочиния проходит ежегодный Причумышский крестный ход из с. Залесово в бывшую д. Новоглушинку к месту, где находился старообрядческий храм Святой Живоначальной Троицы. Во время шествия крестным ходом проводится служба святым мученикам и исповедникам, пострадавшим в XX веке от безбожных[18].
Благочинные
протоиерей Михаил Задворнов, также является икономом епархии
протоиерей Никола Думнов
Управляющие епархией
Саватий (Лёвшин) (декабрь 1862 — 10 октября 1882) епископ Тобольский и Всея Сибири
Мефодий (Екимов) (октябрь 1885 — 10 мая 1898) епископ Томский и Всея Сибири
Антоний (Паромов) (1898 — август 1899) епископ Пермский и временно Сибирский
Феодосий (Быков) (август 1899—1909) епископ Томско-Иркутский и всея Сибири
Силуян (Килин) (18 октября 1992 — 5 ноября 2021) † епископ Новосибирский и всея Сибири
Старухин Н. А. Источники по истории скитской организации сибирских белокриницкихобщин (1870—1900-е гг.) // Общественное сознание и литература России: источники и исследования. Новосибирск, 2008. — С. 309—330
Старухин Н. А. Сибирские общества белокриницких староверов во второй половине XIX – начале XX в. / Отв. ред.: академик Н.Н. Покровский, д-р ист. наук Н.Д. Зольникова. — Новосибирск, 2015. — 206 с.