В 1836 году он был приглашен в Веймар, чтобы украсить фресками два помещения Великогерцогского дворца (нем.Großherzoglichen Schlosses). Здесь Негер работал на протяжении одиннадцати лет. В 1841 году он стал директором Лейпцигской академии художеств (ныне Hochschule für Grafik und Buchkunst Leipzig), где среди одним из его учеников был Август Земмлер. В 1846 году вернулся в Штутгарт, где стал профессором Королевской школы искусств (ныне Staatliche Akademie der Bildenden Künste Stuttgart). В 1854 году он был назначен её директором, одновременно продолжал писать много больших работ, в основном на религиозно-исторические темы. Проработал на это должности до 1879 года. В эти годы Бернгард Негер создал в Штутгарте свои лучшие стеклянные витражи для монастырской церкви Stiftskirche, протестантской церкви Johanneskirche, Старого замка и Нового дворца. В 1852 году он был награждён большим крестом ордена Вюртембергской короны и был удостоен дворянского титула. Работы Негера принадлежат к числу лучших памятников новейшей религиозной живописи в Германии.
Ulrike Gauss, Kurt Löcher. Karl Joseph Bernhard von Neher 1806—1886. Aquarelle und Zeichnungen. Katalog und Einf. Biberacher Verlagsdruckerei, Ausstellung vom 29. August-3. Oktober 1971.