С 1996 года Станислав Моисеев — художественный руководитель Молодого театра. С приходом молодого режиссёра в театр существенно обновляется его репертуар.
Первая постановка Станислава Моисеева в Молодом театре — «Дон Жунан» — становится театральным событием театрального Киева. Этим спектаклем обозначился новый виток в театре. Спектакль высоко оценили на международных театральных фестивалях, троекратный лауреат премии «Киевская пектораль».
На сцене Молодого театра Моисеев ставит «Дон Жуана», «РЕхуВИлийЗОР», «Гедду Габлер», с его инициативы проходит серия литературно-театральных вечеров поэтической группы «Бу-ба-бу».
На сцене Молодого театра 21 марта2009 года Станислав Моисеев отпраздновал свой 50-летний юбилей сценической нарезкой из 10 его спектаклей, объединённых в одно название «Монолог из театра».[1]
2014 — По мнению украинских театральных журналистов (еженедельник «Зеркало недели»), вошел в ТОП-10 самых влиятельных украинских театральных режиссёров[7]