Посёлок городского типа Мельница-Подольская находится на левом берегу реки Днестр, выше по течению примыкает село Худыковцы, ниже по течению на расстоянии в 1,5 км расположено село Ольховец, на противоположном берегу — село Перебыковцы.
Северо-восточнее посёлка берёт начало река Ольховец.
Через посёлок проходит автомобильная дорога Т-2002.
История
Впервые упоминается в XI веке под названием Мельница, полностью разрушено монголо-татарами.
Под названием Мельница-над-Днестром известна с XVII века.
В 1960 году присвоено статус посёлок городского типа.