31 мая 1999 года указом Президента Российской ФедерацииБ. Н. Ельцина назначен Генеральным директором ФАПСИ. Генерал-полковник В. Г. Матюхин стал третьим и последним руководителем ФАПСИ.
С января 2001 года по должности генерального директора ФАПСИ входил в состав созданного по указу Президента РФ Оперативного штаба по управлению контртеррористическими действиями в Северо-Кавказском регионе. Являлся членом Совета безопасности РФ (с 14 июня 1999 по 21 июня 2003). С 13 июня 2000 года член Комиссии Правительства РФ по военно-промышленным вопросам. С ноября 2000 г. — председатель координационного совета по обеспечению безопасности шифровальных средств и их эксплуатации в системах правительственной и закрытой связи государств-участников СНГ.[1]
26 января 2010 года председатель правительства Владимир Путин подписал распоряжение об освобождении Матюхина от должности «в связи с достижением предельного возраста пребывания» на ней[2].
С 16 декабря 2010 года является первым заместителем Генерального директора — Научным руководителем Научно-исследовательского и проектно-конструкторского института информатизации, автоматизации и связи на железнодорожном транспорте (ОАО «НИИАС»).[3]
Доктор технических наук. Действительный член Академии криптографии России, Российской академии инженерных наук и Международной академии связи. Лауреат Государственной премии России. За большой вклад в развитие информационных технологий и реализацию государственной политики в области информатизации награждён Почетной грамотой Правительства РФ, имеет благодарности Президента РФ, Председателя Совета Федерации Федерального Собрания РФ и Правительства РФ. Автор более 150 научных трудов и четырёх изобретений. Женат, имеет сына.
Почетный сотрудник федеральных органов правительственной связи и информации.
Ветеран военной службы.
В 2004 году за выдающийся научный и практический вклад в обороноспособность и обеспечение безопасности России, твердую гражданскую позицию удостоен звания лауреата Международной премии Андрея Первозванного «За Веру и Верность».
Кожевникова Г., Михэеску Л. Российская власть в лицах: Биографический справочник / Под редакцией А. Верховского. — М.: РОО «Центр „Панорама“», 2001. — I5ВN 5-94420-002-2.