Возможно, около 1180 года Мануил женился на Русудан, дочери грузинского царя Георгия III. Таким образом, он стал зятем грузинской царицы Тамары. У Мануила и Русудан было два сына, Алексей и Давид Комнины, которые должны были стать соправителями Трапезундской империи. Алексей родился около 1182 года; дата рождения Давида предположительно приходится на 1184 год.
В конце 1183 года после того как его отец стал императором, он захотел женить сына на Анне Французской — вдове предшественника его отца — Алексея II Комнина. Но Мануил отказался и его отец сам женился на Анне.
В сентябре 1185 года, когда его отец был свергнут и убит, Мануил был ослеплён. Возможно, он в результате этого скончался; во всяком случае, в том году он исчез из исторических записей.
C. Toumanoff, "On the relationship between the founder of the Empire of Trebizond and the Georgian Queen Thamar" in Speculum vol. 15 (1940) pp. 299–312.
Varzos, Konstantinos.Η Γενεαλογία των Κομνηνών (неопр.). — Thessaloniki: Centre for Byzantine Studies, University of Thessaloniki, 1984. — Т. B.