С 1883 по 1885 год служил в военном министерстве княжества Болгарского и преподавал фортификацию и тактику в софийском военном училище.
По возвращении в Россию работал в главном штабе над вопросами военно-железнодорожного дела и читал о том же лекции в Николаевской академии генерального штаба, где, по представлении диссертации на тему «Военно-административное устройство тыла армии», назначен был профессором.
В 1904 году Фёдор Андреевич Макшеев был назначен главным редактором журнала «Военный Сборник» и газеты «Русский Инвалид».
Читал также военную администрацию на интендантских курсах и о военной эксплуатации железных дорог в Николаевской инженерной академии.
Фёдор Андреевич Макшеев умер 5 августа 1932 года.
Труды
Напечатал следующие руководства и пособия:
для слушателей академии генерального штаба:
«Железные дороги в военном отношении» (СПб., 1890 и 1892);
«Военное хозяйство и устройство тыла» (СПб., 1893—1897);
«Курс снабжений в военное время» (СПб., 1898; дополн. к нему 1900);
«Полный курс военного хозяйства в мирное время» (1904);
«Курс снабжений и военного хозяйства в военное время» (СПб., 1905);
«Очерк устройства русского генерального штаба» (1894);
«Сравнительный очерк устройства генерального штаба в главнейших государствах Европы» (1899);
для слушателей интендантского курса:
«Записки военной администрации».
Часть I. «Устройство интендантства» (СПб., 1900);
часть II: «Военное хозяйство в мирное время» (два вып., 1-й вып. 1900, 2-й вып. 1901);