В 1622 году служил думным дьяком в Разрядном приказе. С этого времени он часто присутствовал у царского стола. Когда царь Михаил Фёдорович уезжал в богомольные походы, Фёдор Лихачёв был одним из тех лиц, которым поручалось «ведать» Москву. В качестве разрядного дьяка он принимал участие в рассмотрении местнических дел.
В 1624 году на первой свадьбе царя Михаила Фёдоровича с княжной М. В. Долгоруковой и в 1626 году на второй свадьбе с Е. Л. Стрешневой Фёдор Лихачёв нес «осыпало» на золотой миске: «на три угла был положен хмель, да тридевять соболей, да тридевять платков золотых участковых, да тридевять белок, да восемнадцать пенязей золоченых чеканены, да девять золотых угорских». Мису с «осыпалом» он держал, когда причесывали голову невесте.
В 1626 году дьяком в Посольский приказ вместо Ивана Грамотина, попавшего в царскую опалу, был назначен Ефим Телепнев. Ему было велено быть меньше разрядного дьяка Ф. Лихачёва, «потому что при царе Василие был в Разряде большой думный дьякВасилей Янов, а в Посольском приказе был думный диак, брат ево Ефимов, Василей Телепнев, а Василей Телепнев был менши Василья Янова…» Однако Ефим Телепнев пытался добиться первенства: «Ефим многожды бил челом, и государь Ефиму велел отказать; и бив челом, был».
В 1627 году дьяк Фёдор Лихачёв присутствовал на прениях по поводу «Катихизиса» Лаврентия Зизания. В этом году в Москву прибыл известный южнорусский филолог и богослов, протоиерейЛ. И. Зизаний, который привёз свой «Катехизис» для исправления, с просьбой о чём он и обратился к патриархуФиларету. Патриарх поручил поговорить с ним игумену Илье и справщику типографии Григорию «любовным обычаем и со смирением нрава». Прения происходили на Казенном дворе, в нижней палате, под наблюдением боярина князя Ивана Борисовича Черкасского и думного дьяка Фёдора Лихачёва.
С 1626 года Фёдор Лихачёв стал участвовал в приёмах иностранных гонцов и послов, иногда «уряжал» встречи, присутствовал при торжественных приёмах послов царем Михаилом Фёдоровичем, «объявлял» их ему в начале приёма, а под конец сообщал, что государь и патриарх жалуют их от своего стола «ествою» и питьём. Вместе с боярами он также бывал «в ответе» с послами.
В 1635—1639 годах Ф. Ф. Лихачёв служил дьяков в приказе Новгородской Чети. В январе и марте 1639 года скончались сыновья царя Михаила Фёдоровича, царевичи Иван и Василий Михайловичи. В дни погребения царевичей дьяк Федор Лихачёв «дневал и ночевал» у их гробов.
В октябре 1641 года царь Михаил Фёдорович пожаловал думного дьяка Фёдора Лихачёва в печатники. После этого назначения, как видно из «Дворцовых разрядов», Ф. Ф. Лихачев стал писаться с «вичем», то есть упоминаться с отчеством.
3 января1642 года в Москве был созван Земский собор, который должен был решить, должно ли Русское государство удержать Азов, захваченный донскими казаками, или вернуть его обратно туркам. На соборе выступал с докладом по этому делу дьяк Фёдор Лихачёв.
9 апреля 1643 года в столовой зале он представил царю доктора Иоганна Белау, который был милостиво принят, щедро одарен бархатом, атласом, сукном, соболями и деньгами и вскоре заслужил благоволение и доверие Михаила Фёдоровича и Алексея Михайловича, чем и воспользовался для личного обогащения[2].
В конце своей жизни, получив разрешение царя, Фёдор Фёдорович Лихачёв принял монашество под именем Филарета. Около 1653 года он скончался в схиме и был погребен в Псково-Печерском монастыре.