Клуб был основан в 1905 году на волне политической нестабильности в стране. 30 июля Хуаном Мануэлем Сосой Эскаладой был основан клуб, название которого в переводе с испанского означает «Свобода».
С момента своей первой победы в первенстве Парагвая в 1910 году «Либертад» всегда старался позиционировать себя в качестве третьей силы в клубном футболе страны после двух доминирующих команд — «Олимпии» и «Серро Портеньо». Но в этом плане у «Либертада» есть конкурент — другой столичный клуб «Гуарани». Последние не выигрывали чемпионата страны с 1984 года, однако по прежнему собирают на стадионе больше болельщиков, чем на матчах «Либертада». Однако у «чёрно-белых» есть неоспоримое преимущество: у «Гуарани» лишь 11 чемпионских титулов, а «Либертад» же в 2017 году довёл это число до 20. В 2021 году команда завоевала 21-й чемпионский титул, и по этому показателю сохраняет звание самой титулованной команды Парагвая начала XXI века[1].