Клуб основан предпринимателем Александром Васильевым в 1999 году в посёлке Молодёжное, Симферопольского района. Название клубу дали — «Крымтеплица», по имени генерального спонсора. Само же СООО «Крымтеплица» занимается производством и реализацией овощной продукции, также грибов, имеет развитую структуру по производству зерновых культур.
Команда начала выступления в чемпионате Крыма и чемпионате Украины среди сельских команд. Под руководством Александра Шудрика в 2000 году и 2001 году команда стала чемпионом Украины среди сельских команд. В 2001 году команда завоевала бронзовые медали чемпионата Крыма, уступив только командам «Саки» и симферопольской «Даники».
В 2002 году команда стала победителем чемпионата Крыма. В зимнем турнире Кубка памяти Виктора Юрковского «Крымтеплица» стала — финалистом турнира. Причем команда являлась любительским коллективом.
В сезоне 2004/05 «Крымтеплица» установила своеобразный рекорд — 34 беспроигрышных матча. По итогам сезона команда досрочно обеспечила себе путевку в Первую лигу с первого места. Лучшим бомбардиром команды стал Максим Кривовязый, он забил 9 мячей.
Вскоре после начала сезона 2004/05 происходит смена тренерского состава, исполняющим обязанности главного тренера стал Анвар Сулейманов. В сентябре 2005 года в домашнем матче Кубка Украины против донецкого «Шахтёра», «тепличники» первыми открыли счёт, гол на счету Романа Войнаровского. Во втором тайме «горняки» забили три гола и «Крымтеплица» проиграла со счётом (1:3)[1] и вылетела из Кубка на стадии 1/16 финала. Позже команду возглавил россиянин Вячеслав Комаров, но он в декабре 2005 года попал в ДТП, на отдыхе в Москве, он повредил шейные позвонки и после находился в реанимации[2]. Тогда главным тренером стал Олег Федорчук, который до этого тренировал симферопольскую «Таврию». В зимние межсезонье команда проводила один из сборов в Турции. По итогам сезона команда заняла девятое место.
Первую часть 16-го чемпионата окончила на 4-й строчке. После зимнего перерыва клуб из Молодёжного не сбавлял оборотов в погоне за бронзовыми медалями, которые, достались киевской «Оболони»[3]. На протяжении второй части чемпионата команда неизменно находилась на 4-м месте. По итогам сезона 2006/07 «Крымтеплица» с 70-очковым багажом обосновалась на 4-м месте.
Зимой 2008 команда подписала первого легионера в истории: им стал ивуарийский форвард Сулейман Диаби. В июне 2011 года клуб подписал первого представителя Израиля в украинском футболе: им стал нападающий Алон Вайсберг. Летом 2017 года клуб заключил соглашение с первым бразильцем в истории Премьер-лиги КФСЛукасом Брамбиллой[5].
Полный список футболистов, выступавших за футбольный клуб «Крымтеплица», о которых есть статьи в Википедии, смотрите здесь.
Во время выступлений во всеукраинских турнирах за «Крымтеплицу» сыграли 176 футболистов. Рекордсменом по количеству проведённых матчей является Виталий Саранчуков (250), лучшим бомбардиром — Сулейман Диаби (26 мячей). Наибольшее количество мячей за один сезон забил Сергей Кучеренко (19 мячей в сезоне 2009/10)[6].