Совершил ряд поездок с целью стажировки за рубеж, участвовал в нескольких международных конференциях.
В октябре 1921 года в Праге был организован Научно-исследовательский институт лесного хозяйства ЧСР, руководство которым было поручено профессору Ю. Комареку. На этом посту он трудился до 1945 года. Причиной создания института явилась вспышка массового размножения лесного вредителя монашенки. Ю. Комарек был первым в Центральной Европе осуществившим в 1926 и 1932 гг. распыление средств борьбы с монашкой и совкой сосновой.
Был соучредителем научно-исследовательского института охраны лесов, деканом и заместителем декана факультета естественных наук, основателем энтомологической лаборатории чехословацкой Академии наук.
Ю. Комарек — член ряда престижных научных обществ, в том числе Чешского королевского общества, чехословацкой сельскохозяйственной академии, Академия труда им. Масарика, Научного общества им. Шафарика, чехословацкого общества зоологии, орнитологии и энтомологии и др.
С 1934 по 1955 год — Президент Чехословацкого зоологического общества (1934—1955).
