В 1940 году за успешные действия в Бело-Финской войне получил звание бригадный комиссар и орден Красного Знамени.
Знания Василия Яковлевича по взлому дотов линии Маннергейма использовались командованием при штурме крепости Бреслау.
Великая Отечественная война
Заместитель командующего ВВС Западного фронта, координировал противовоздушную оборону Москвы в 1941 г, участвовал в создании воздушно-десантных войск в декабре 1941 г, дивизионный комиссар (12.1941 — 16.12.1942), генерал-майор авиации (06.12.1942), член военного совета 6 армии (16.12.1942 — 09.05.1945):
контрнаступление 6-й армии под Сталинградом (1942);
разгром итало-немецких войск на Среднем Дону (16.12-30.12.1942);
оборонительное сражение левого крыла Воронежского фронта на Харьковском направлении (22.2-23.3.1943);
освобождение Донбасса (18.8-22.9.1943);
Никопольско-Криворожская наступательная операция (30.1-22.2.1944);
разгром немцев на правобережной Украине (февраль-март 1944);
разгром Одесской группировки противника (28.3-14.4.1944);
разгром немцев в Польше (январь-февраль 1945).
27 июня 1945 года В. Я. Клокову присвоено звание генерал-лейтенант.
Послевоенные годы
9 июля 1945 года приказом НКО СССР № 0139 генерал-лейтенант В. Я. Клоков освобожден от должности члена Военного совета 6-й армии и назначен членом Военного совета Бакинского ВО. Заместитель главнокомандующего ВВС по политчасти, заместитель начальника Государственного лётно-испытательного центра по политической и воспитательной работе в г. Ахтубинск, заместитель начальника Института авиационной и космической медицины по тылу[1].
Вклад в советскую космическую программу
Василий Яковлевич был один из организаторов советской космической программы. Последние 7 лет Василий Яковлевич работал заместителем по тылу и политчасти начальника Института авиационной и космической медицины. Клоков помогал строить Центр имени Гагарина.
Семья
Жена Александра Ивановна Клокова, его боевой и идейный товарищ с 1941 по 1968 год.