В миру был крестьянином деревни Обухово Вологодской губернии. Страдал от болезни глаз и, как повествует житие, получив чудесное исцеление от явившегося ему святого Косьмы, принял решение уйти в монастырь. После 25 лет усердного подвижничества умер в 1612 году. Мощи преподобного Иосифа находятся в основанной им Заоникиевской пустыни.
Симонов А. Н. Канонизация преподобного Иосифа Заоникиевскогo и церковные реформы Петра I // Вестник Санкт-Петербургского университета. История. — 2010. — № 4. — С. 125—130.
Кузьмина М. К. Житие Иосифа Заоникиевского — малоизученный памятник русской агиографии // Авраамиевская седмица : Материалы II международной научной конференции, Смоленск, 18-22 сентября 2017 года / Под редакцией Л. В. Павловой, И. В. Романовой. Том Выпуск II. — Смоленск: Общество с ограниченной ответственностью «Свиток», 2018. — С. 87-94.