Иоахим Эрнст — предпоследний сын герцога Ганса II Шлезвиг-Гольштейн-Зондербургского. В юности Иоахим Эрнст путешествовал по Европе и побывал в Голландии, Англии, Франции и Италии. В 1617 году герцог Иоахим Эрнст принимал участие в Ускокской войне. После смерти отца герцогство было разделено между сыновьями, в результате раздела возникло пять небольших герцогств. Иоахим Эрнст получил Шлезвиг-Гольштейн-Плён, в который помимо города-резиденции Плёна входили в частности секуляризированные монастырские земли амтов Аренсбёк и Рейнфельд.
По случаю бракосочетания с принцессой Доротеей Августой, дочерью герцога Иоганна Адольфа Гольштейн-Готторпского, герцог Иоахим Эрнст в 1632 году решил снести старую плёнскую крепость и в 1633—1636 годах возвёл Плёнский замок. Герцог Иоахим Эрнст состоял в Плодоносном обществе. Незадолго до смерти был награждён датским орденом Слона.
Потомки
У Иоахима Эрнста и Доротеи Августы родилось шестеро детей:
