С 1566 года правитель Магдебурга. Став в 1598 году курфюрстом, он в 1599 году вопреки отцовскому завещанию, требовавшему дележа бранденбургских владений, провёл семейный договор, установивший их нераздельность. Внутри государства Иоахим тщетно боролся с притязаниями сословий, привилегии которых в 1602 году ему пришлось подтвердить.
Второй женой Иоахима Фридриха стала Элеонора Прусская (1583—1607), дочь герцога ПруссииАльбрехта Фридриха. Из-за душевной болезни герцога Иоахим Фридрих в 1603 году стал регентом Пруссии и опекуном герцога, а позднее получил от Польши согласие на наследование власти в Пруссии. Курфюрст сделал взнос в польскую казну и предоставил значительные поблажки прусским католикам. Однако ему было запрещено посещать Пруссию без разрешения польского короля, поэтому в Пруссии он не был.
После смерти бездетного Георга Фридриха I в 1603 Иоахим Фридрих получил по дарственной силезское герцогство Егерндорф. В 1606 он передал его сыну Иоганну Георгу.