Родом великоросс, получил первоначальное образование в военном казанском сиротском отделении. В 1810 году поступил рядовым на военную службу, в Витебский пехотный полк, участвовал в 1811 году в войне с турками и в Отечественной войне 1812 года, совершил Заграничный поход; принимая участие в четырнадцати сражениях, получил знак отличия военного ордена, медаль в память двенадцатого года и медаль в память вступления в Париж. В 1829 году Илья Золотов вышел в отставку в чине штабс-капитана[1].
В 1835 году Иоанн Золотов получил золотой наперсный крест, по расстроенному здоровью оставил академическую службу и был назначен исправляющим должность наместника Киево-Михайловского монастыря. Через восемь месяцев оставил службу по расстроенному здоровью, но по убеждению преосвященного снова принял оставленную должность; такой отказ и возвращение были повторены ещё раз; местные архиереи дорожили Иоанном, как образцовым хозяином[1].
В 1844 году киевское епархиальное начальство, решив воссоздать почти опустевшую Мошногорскую обитель, определило туда настоятелем отца Иоанна. Здесь, в августе того же года, он получил сан игумена. Мошногорский Вознесенский монастырь ему обязан своим возрождением. Монастырь на момент прибытия Золотова находился почти в развалинах[2], он энергично принялся за устройство обители. Для правильной распланировки новых построек он снял отвесную гору и на выровненных ее уступах соорудил келии и монастырские службы, он выиграл трудный и запутанный судебный процесс и возвратил монастырю отнятую у него землю; монастырь собрал до 23 тысячи рублей капитала без помощи крупных благотворителей, благодаря уменью и энергии своего нового игумена[1].
Почти ежегодно получая изъявление благодарности начальства, Иоанн Золотов в 1859 году был посвящен в архимандрита[1].
