В 1039 году впервые упоминается епископ античного города Ихны (ныне Палеа-Зихни, руины находятся недалеко от Неа-Зихни) по имени Антоний. В то время Зихнийская епархия была епископией, подчинённой Серрской митрополии[1].
При епископе Иоакиме (в святцах упоминатется, как святитель Иоанн Зихнийский) между июнем 1328 и июлем 1329 годами епархия получила статус митрополии по указу императора Андроника II Палеолога (1282—1328)[1].
С 1375 по 1913 года территория Зихнийской митрополии находилась под властью турок[1].
В июле 1655 года патриарх Константинопольский Иоанникий II упразднил Неврокопийскую митрополию и слил её с Зихненской (город Неврокоп является античным Никополем, в настоящее время находится в Болгарии — Гоце-Делчев). В XVII веке часть территорий митрополии были переданы другим епархиям и 1663 году сама Зихнинская и Неврокопийская митрополия вошла в состав Филиппийской[1], которая после этого именовалась Филиппийской, Драмской, Зихненской и Неврокопской. Неврокопская епархия была отделена от Филипийской в 1882 году при патриархе Иоакиме III[2][3].
В начале XX века Зихна была заброшена, и примерно в километре от неё возник город, получивший название Неа-Зихни[1].
Вошедшие в 1912—1913 годы в состав Греческого государства епархии Константинпольского Патриархата (в том числе Зихнийская) были переподчинены Синоду Элладской православной церкви[1].
После геноцида христианского населения в Турции вошедшее в историю, как «малоазийская катастрофа» 1922 года и обмена населением между Грецией и Турцией, часть беженцев обосновалось в Восточной Фракии. Они принесли с собой святыни, включая образ Богородицы.
В 1924 году Патриархом Константинопольским Григорием III Зихнинская епархия была воссоздана путём выдедения из Филиппийской митрополии[1][3].
В 1952 году митрополии Зихни была объединена с воссозданной в 1882 году митрополией Неврокопия.
В 2000-е году Зихнийская митрополия насчитывала примерно 12 тысяч православных проживающих в 65 деревнях из которых только 4 населенных пункта имеют население больше 1000 человек[1].
Святые особо почитаемые в митрополии
Священномученик Хризостом, митрополит Драмы и Зихни
Святой апостол Павел, основатель Церкви Амфиполиса (29 июня).
