В отличие от других поселений в этом районе, Гойя возник спонтанно в результате речной торговли, которая развивалась по р. Парана. Река была естественным путём для ввоза и вывоза товаров в Парагвай, который в то время входил в состав вице-королевства Рио-де-ла-Плата.
Сейчас — центр района, где выращивают фруктовые деревья, хлопок и табак; имеется пищевая, деревообрабатывающая, кожевенная и керамическая промышленность; речной порт; аэропорт.