Попал в государеву опалу (03 сентября 1670). С Москвы был послан сыщик Андрей Павлович Акинфов и дьяк Иван Степанович Давыдов. И указано сыскать в Тобольске про воеводу Петра Ивановича Годунова с товарищи про сидение и раздор с князем Фёдором и с дьяком. Было велено выслать Петра Годунова из Тобольска в Москву тотчас. 6 сентября Пётр Годунов отбился от берега и поехал на своих подводах. По опальному делу Петра Годунова было наказано много служилых людей за «угождения и заушничество» воеводе[5].
По данному делу упомянут в царском указе (от 11 июля 1692), в котором говорится, что после Петра Ивановича Годунова указано всем воеводам едущим на службу в Сибирь, останавливались в Верхотурье и переписывать все свои пожитки, а на обратном пути проверять соответствие, чтобы не вывозили из Сибири серебро, жемчуг и иные предметы, говоря что всё это взяли из Москвы.
Провел полную реорганизацию войск в Тобольском уезде, заменив наёмные конные полки регулярной конницей. Сократил денежные и хлебные выплаты отслужившим, вместо этого увеличив их пашенные участки. Запланировал и создал засеки и остроги на южной границе российских владений в Сибири.
Карта Сибири
Чертёж Сибирской земли — российская карта Сибири и Дальнего Востока, которую в 1667 году по царскому указу составил тобольский воевода П. И. Годунов (с расшифровкой)[6]
По распоряжению Годунова в 1667 году была составлена первая из известных карт Сибири, получившая известность под названием «Годуновской карты». Надпись на самой карте гласит, что она сделана «по указу государя, царя и великого князя Алексея Михайловича всея Великая и Малая и Белая России самодержца, сбиран сей чертёж на месте в Тобольске тщанием стольника и воеводы Петра Ивановича Годунова с товарищами».
Рукописные копии этой карты сохранились в атласах С.У. Ремезова — в Хорографической чертёжной книге («Список печатного подлинного чертежа. В лето 7176 по указу великого государя по грамоте в Тобольску учинён сей чертёж снисканием и самотрудием и географством стольника и воеводы Петра Ивановича Годунова...») и в Служебной чертёжной книге («Чертёж древний всея Сибири годуновской»).
Ещё две копии находятся в шведских архивах, известия о них были опубликованы А.Э. Норденшельдом в 1889 году. Первую из них скопировал Клаас Прютц, находившийся в составе шведского посольства короля Карла XI в Москве в 1669 году. Вторая копия была сделана Эриком Пальмквистом в 1673 году.[7]
Годунов составил также «Ведомость о Китайской земле и о глубокой Индии», которая впоследствии была переведена на греческий язык и получила широкое распространение[8].
↑Сост. А. В. Антонов. Акты служилых землевладельцев XV — начала XVII века. Т. IV. М., Изд. Древлехранилище. 2008 г. Грамота № 527. стр. 438—439. ISBN 978-5-93646-123-1.
Краткое показание о бывших как в Тобольске, так и во всех сибирских городах и острогах с начала взятия Сибирскаго государства, воеводах и губернаторах, и прочих чинах; и кто они имянно, и в каких городах были; и кто какой город строил, и когда. Писано в Тобольском доме архиерейском, 1791 года. Печатано с дозволения управы благочиния в Тобольске, в типографии у Василия Корнильева. 1792 года.
Наказы Сибирским воеводам в XVII веке. Исторический очерк. Составил преподаватель Ташкентской женской гимназии В. Кулешов. Издание второе иждивением Г. В. Юдина. Типография Я. А. Иванченко. Болград. 1894.
Систематический перечень воевод, дьяков, письменных голов и подьячих с приписью в сибирских городах и главнейших острогах с их основания до начала XVIII века: к истории Сибири XVII века. К. Б. Газенвинкель. Типография Губернского правления. Тобольск. 1892.
«Чертеж всей Сибири, збиранный в Тобольске по указу царя Алексея Михайловича», П. И. Годунов, 1667 год
«Славянская энциклопедия. XVII век». Москва, ОЛМА-ПРЕСС, 2004 год
