Село Высшие Лубянки находится на берегу безымянной речушки, которая через 4 км впадает в реку Гнезна Гнилая,
выше по течению на расстоянии в 1 км расположено село Новый Роговец,
ниже по течению примыкает село Низшие Лубянки.
Через село проходит автомобильная дорога Т-2010.