8 февраля 1936 года первые студенты приступили к занятиям. В курсе подготовки были и музыкальные специальные дисциплины, одобренные Московской консерваторией, и дисциплины общевойсковой подготовки по программе пехотных училищ.
В 1938 году факультет был расширен: организовали очную адъюнктуру по специальностям «Дирижирование» и «Инструментовка», а позже — «Инструмент военного оркестра», «Теория и история музыки». В следующем учебном году открыли несколько специальных кафедр: дирижирования, инструментовки, инструментов военного оркестра, фортепиано, теории и истории музыки.
Государственная комиссия во главе с Н. Головановым и Н. Аносовым отметила высокий уровень обучения подготовки руководителей военных оркестров. В 1936 — 1941 годах прошло шесть выпусков военных капельмейстеров. На 22 июня 1941 года на военном факультете обучалось 30 студентов.
В 1944 году Военный факультет при Московской государственной консерватории стал отдельным военно-музыкальным вузом, его наименование звучало так: Высшее училище военных капельмейстеров Красной Армии. В августе 1945 году вузу было торжественно вручено Боевое знамя.
В ноябре 1946 года вуз переименовали в Высшее училище военных дирижёров Советской Армии.
В 1950 году Высшее училище военных дирижёров Советской Армии реорганизовали в Институт военных дирижёров, в таком виде он существовал в течение десяти лет.
В 1960 году в ходе кампании по сокращению Вооружённых Сил СССР Институт военных дирижёров был реорганизован в Военно-дирижерский факультет при Московской государственной дважды ордена Ленина консерватории имени П. И. Чайковского.
4 апреля 2001 года Правительство Российской Федерации создало на базе Военно-дирижёрского факультета при Московской государственной дважды ордена Ленина консерватории им. П. И. Чайковского Московскую военную консерваторию (Военный институт).
В наши дни Военный институт (военных дирижёров) является уникальным в своём роде военно-учебным центром, так как выпускает военных дирижёров — руководителей военных оркестров и ансамблей песни и пляски с высшим музыкальным образованием, они проходят службу в Вооружённых Силах Российской Федерации и иностранных государств.
