В Молдавской ССР село называлось Котюжаны и до 9 января 1956 года являлось административным центром упразднённого Котюжанского района. 11 июня 1964 года к Котюжанам было присоединено село Верхние Котюжаны. Название Большие Котюжаны присвоено 31 января 1991 года.