Впоследствии генерал Бобетко разочаровался в коммунистической идеологии. И в 1971 году, во время «Хорватской весны» поддержал требования предоставить Хорватии бо́льшую автономию от СФРЮ, за что 2 декабря 1971 года был отправлен в отставку вместе с ещё 19 генералами Югославской народной армии.
Последней проведённой под командованием Бобетко стала операция «Молния» (хорв.Bljesak) с 1 по 3 мая1995 года. 15 июля 1995 года, менее, чем за месяц до начала операции «Буря» (хорв.Oluja), президент Туджман отправил Янко Бобетко в отставку. Новым начальником Генерального штаба Вооружённых сил Хорватии был назначен генерал Звонимир Червенко.
После службы
Мемориальная доска Янко Бобетко на стене местного музея в Хутово
Ранее, 21 мая 2001 года дель Понте были выдвинуты обвинения в отношении одного из подчинённых Бобетко во время операции в Медаке — генерала Рахима Адеми[4]. 29 апреля 2004 года обвинения были выдвинуты в отношении генерала Мирко Нораца, так же подчинявшемуся Бобетко в сентябре 1993 года[5]. Впоследствии их дела были переданы в суды Хорватии, где Адеми был полностью оправдан, а Норац приговорён в общей сложности к 19 годам лишения свободы[6].
Суть обвинений сводилась к тому, что Бобетко, Адеми и Норац не пресекли бесчинства подчинявшихся им солдат и офицеров в отношении мирного сербского населения (т. н. «командная ответственность»).
Бобетко отрицал все обвинения и отказывался добровольно предстать перед судом, заявляя, что Трибунал должен стыдиться выдвигать обвинения против одного из старейших живущих антифашистовЕвропы[1]. Обсуждение возможной экстрадиции Бобетко вызвало резонанс в хорватском обществе. В частности, на защиту отставного генерала армии встал тогдашний премьер-министр ХорватииИвица Рачан[7]. На тот момент Янко Бобетко был уже серьёзно болен. 29 апреля 2003 года он скончался в своём доме в Загребе до вынесения окончательного решения о его экстрадиции.
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
_-_Spomen_ploca_Janku_Bobetku.jpg)
