С 1873 года Чарльз Бесси был женат на Люси Этхерн. У них родились трое сыновей — Эдвард, Эрнст и Карл. Эрнст Этхерн Бесси (1877—1957) преподавал ботанику и микологию в Мичиганском сельскохозяйственном колледже.
В 1879 году Университет штата Айова присвоил Бесси степень доктора философии. С 1880 по 1897 он работал главным редактором журнала American Naturalist, позднее — журнала Science. С 1884 года Бесст работал профессором ботаники Небраскского университета. В 1898 году Гриннелский колледж Айовы присвоил Бесси степень доктора права.
Бесси был создателем новой системы классификации растений, получившей название системы Бесси[англ.].
25 февраля 1915 года Чарльз Эдвин Бесси скончался.
Pool, R.J. A Sketch of the Life of Charles Edwin Bessey (неопр.) // Transactions of the American Microscopical Society. — 1915. — Т. 34, № 4. — С. 299—305.