В 1968 году был активистом движения против Вьетнамской войны, участвовал в президентских предвыборных кампаниях Роберта Кеннеди и Юджина Маккарти, а в Государственном департаменте времён администрации Джимми Картера был заместителем Энтони Лейка в группе планирования внешней политики, специализируясь на вопросах международного контроля над вооружениями. В 1988 году работал в команде Мадлен Олбрайт, когда та являлась главным советником по внешней политике кандидата в президенты США Майкла Дукакиса. В 1991 году Бергер представил Клинтону Лейка и после назначения Лейка советником по национальной безопасности являлся его заместителем[4].
14 марта 1997 года, в период начавшегося второго президентства Клинтона, Бергер занял должность советника по национальной безопасности США[5]. Он сохранил свою приверженность идее межведомственного сотрудничества с Госдепом и Министерством обороны для повышения эффективности внешней политики, и трёхсторонние встречи Олбрайт-Бергер-Коэн (по первым буквам фамилий в английском написании этот формат называли ABC) стали постоянными, а с Мадлен Олбрайт он общался по защищённым линиям связи до 20-30 раз ежедневно[6]. В 1998 году Бергер активно содействовал проведению через Конгресс так называемого «Акта об освобождении Ирака» (Iraq Liberation Act), поставившего целью американской политики в Ираке смену режима в этой стране и ставшего важным шагом на пути к началу Иракской войны[7].
В январе 2001 года, в последние дни перед передачей власти администрации Буша, состоялись десять брифингов с целью передачи информации, касающейся вопросов безопасности США, команде Кондолизы Райс. Бергер мотивировал их необходимость своими воспоминаниями о событиях 1992 года, когда сотрудники Энтони Лейка не получили от своих предшественников крайне необходимых сведений. Только в одном из брифингов принял участие сам Бергер — его темой стала угроза, исходящая от террористической группировки Аль-Каида[8].
В 2004 году Департамент юстиции США обвинил Бергера в том, что, готовясь к выступлению перед Комиссией по расследованию причин терактов 11 сентября 2001 года (9/11 Commission), тот в 2003 году незаконно вынес из читального зала Национального архива совершенно секретные документы. В 2005 году он был признан виновным в хищении копий документов, хотя позднее появились основания считать похищенными подлинники[9].