Вильгельм Якоб ван Беббер родился 14 июля 1841 года в местечке Grieth, неподалёку от города Калькар на берегу реки Рейн и стал двенадцатым ребёнком в семье.
В 1868 году Вильгельм Якоб ван Беббер сдал государственный экзамен для учителей средних школ. После года стажировки в средней школе в Клеве, в 1869 году он отправился в среднюю школу в Кайзерслаутерне, за время работы в которой защитил докторскую диссертацию (1871 год). В своей докторской, он на примере сравнения суровых зим в Европе (с 1826 по 1871 годы) и параллельно мягких зим в Америке пытался доказать тезис, что человек не способен изменить климат в целом.
В 1875 году ван Беббер стал ректором школы в баварском городе Вайсенбург.
В 1877 году он был назначен в Национальный институт немецкой военно-морской обсерватории в городе Гамбурге, где с 1879 года заведовал третьим отделением (береговая метеорология, штурмовые предостережения)[1].
В 1890 году Вильгельм Якоб ван Беббер получил звание профессора. В Гамбурге он проработал почти до конца жизни, он ушел со своего поста по состоянию здоровья в 1907 году и умер два года спустя 1 сентября 1909 года в Альтоне.
Вильгельм Якоб ван Беббер был членом правления немецкого метеорологического общества (Deutsche Meteorologische Gesellschaft), и членом старейшего немецкого общества естествоиспытателей, ставшего национальной Академией наук Германии — Леопольдина.
Учёным было опубликовано более 200 научных работ. В Военно-морской обсерватории, он написал один из первых учебников метеорологии, составлял карты погоды и пробовал предсказывать природные стихии. Ван Беббер был одним из тех, кто заложил фундамент для создания государственной службы погоды Германии.
