Рано познакомившись с книгами Священного Писания и Житиями Святых отцов, богобоязненный юноша оставил родительский дом и в 1828 году поселился в «Дальнем» Мануиловском раскольничьем скиту[2].
28 августа 1849 года отец Анатолий был перемещен в Гефсиманский (Черниговский) скит, близ Троице-Сергиевой лавры, и 8 ноября того же года был назначен строителем скита, которым и управлял около 30 лет. Его заботами и под его непосредственным наблюдением были выстроены две каменные церкви, Скитская часовня в Москве у Ильинских ворот, дом близ Сухаревой башни, жилые и хозяйственные здания скита, пещерное отделение с гостиницей и хозяйственная ферма[2].
В 1874 году Анатолий возведен в сан игумена, будучи вместе с тем и членом Лаврского собора[2].
Незадолго до смерти Анатолий принял он схиму с именем Алексия[2].
Игумен Алексий скончался 6 мая 1881 года во вверенной ему обители[2].
